MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 5679

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187147	TGC	3	9	51	59	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NT_187147	CCG	2	6	194	199	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NT_187147	TTC	2	6	210	215	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NT_187147	GC	3	6	224	229	0 %	0 %	50 %	50 %	399995010
5	NT_187147	TCG	2	6	231	236	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995010
6	NT_187147	CCA	2	6	239	244	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995010
7	NT_187147	CG	3	6	262	267	0 %	0 %	50 %	50 %	399995010
8	NT_187147	GCG	2	6	294	299	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995010
9	NT_187147	GCGG	2	8	351	358	0 %	0 %	75 %	25 %	399995010
10	NT_187147	GTC	2	6	404	409	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995010
11	NT_187147	GCC	2	6	462	467	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995010
12	NT_187147	GAC	2	6	472	477	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995010
13	NT_187147	CGA	2	6	507	512	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995010
14	NT_187147	GCC	2	6	556	561	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995010
15	NT_187147	CG	3	6	594	599	0 %	0 %	50 %	50 %	399995010
16	NT_187147	GCA	2	6	609	614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995010
17	NT_187147	GCC	2	6	673	678	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995010
18	NT_187147	CCG	2	6	706	711	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995010
19	NT_187147	ATC	2	6	769	774	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995010
20	NT_187147	CAA	2	6	778	783	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399995010
21	NT_187147	TGC	2	6	814	819	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NT_187147	GC	3	6	908	913	0 %	0 %	50 %	50 %	399995011
23	NT_187147	GGC	2	6	931	936	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995011
24	NT_187147	CGGC	2	8	969	976	0 %	0 %	50 %	50 %	399995011
25	NT_187147	GGC	2	6	1072	1077	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995011
26	NT_187147	AAC	2	6	1079	1084	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399995011
27	NT_187147	CTT	2	6	1135	1140	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995011
28	NT_187147	TCG	2	6	1190	1195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995011
29	NT_187147	CGG	2	6	1219	1224	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995011
30	NT_187147	CGA	2	6	1260	1265	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995011
31	NT_187147	GCG	2	6	1333	1338	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995011
32	NT_187147	GCC	2	6	1367	1372	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995011
33	NT_187147	CGT	2	6	1393	1398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995011
34	NT_187147	CGG	2	6	1405	1410	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995011
35	NT_187147	CCA	2	6	1428	1433	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995011
36	NT_187147	GCG	2	6	1458	1463	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995011
37	NT_187147	CAG	2	6	1603	1608	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995011
38	NT_187147	GAT	2	6	1609	1614	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995011
39	NT_187147	GC	3	6	1619	1624	0 %	0 %	50 %	50 %	399995011
40	NT_187147	GCG	2	6	1638	1643	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995011
41	NT_187147	TGA	2	6	1656	1661	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995011
42	NT_187147	TCGG	2	8	1682	1689	0 %	25 %	50 %	25 %	399995011
43	NT_187147	CTG	2	6	1820	1825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NT_187147	AACC	2	8	1884	1891	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NT_187147	CGAT	2	8	1906	1913	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NT_187147	CCCAAT	2	12	1923	1934	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NT_187147	TCA	2	6	2039	2044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995012
48	NT_187147	TG	3	6	2063	2068	0 %	50 %	50 %	0 %	399995012
49	NT_187147	GC	3	6	2081	2086	0 %	0 %	50 %	50 %	399995012
50	NT_187147	CG	3	6	2129	2134	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NT_187147	GCC	3	9	2173	2181	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
52	NT_187147	CGC	3	9	2214	2222	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NT_187147	GGC	2	6	2235	2240	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NT_187147	CCG	2	6	2321	2326	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995013
55	NT_187147	CAT	2	6	2385	2390	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995013
56	NT_187147	GA	3	6	2446	2451	50 %	0 %	50 %	0 %	399995013
57	NT_187147	GGC	2	6	2454	2459	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995013
58	NT_187147	GC	3	6	2546	2551	0 %	0 %	50 %	50 %	399995013
59	NT_187147	ATC	2	6	2605	2610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995013
60	NT_187147	TCC	2	6	2710	2715	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399995013
61	NT_187147	TCA	2	6	2726	2731	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995013
62	NT_187147	GCG	2	6	2760	2765	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995013
63	NT_187147	GCA	2	6	2819	2824	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995013
64	NT_187147	TCG	2	6	2884	2889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995013
65	NT_187147	TTG	2	6	2902	2907	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399995013
66	NT_187147	TTC	2	6	2920	2925	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995013
67	NT_187147	TGA	2	6	2948	2953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995013
68	NT_187147	TGC	2	6	2969	2974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995013
69	NT_187147	GTT	2	6	2979	2984	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399995013
70	NT_187147	CCA	2	6	2988	2993	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995013
71	NT_187147	CGAG	2	8	3042	3049	25 %	0 %	50 %	25 %	399995013
72	NT_187147	TCG	2	6	3128	3133	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995013
73	NT_187147	ACG	3	9	3241	3249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995013
74	NT_187147	GCG	2	6	3265	3270	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995013
75	NT_187147	CCT	2	6	3281	3286	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399995013
76	NT_187147	GA	3	6	3337	3342	50 %	0 %	50 %	0 %	399995013
77	NT_187147	CCG	2	6	3353	3358	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995013
78	NT_187147	CGGCC	2	10	3366	3375	0 %	0 %	40 %	60 %	399995013
79	NT_187147	CGC	2	6	3452	3457	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995013
80	NT_187147	CGG	2	6	3494	3499	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995013
81	NT_187147	A	6	6	3508	3513	100 %	0 %	0 %	0 %	399995013
82	NT_187147	CGA	2	6	3514	3519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995013
83	NT_187147	GCC	2	6	3588	3593	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995013
84	NT_187147	CAG	2	6	3597	3602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995013
85	NT_187147	GTG	2	6	3622	3627	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399995013
86	NT_187147	CGG	2	6	3629	3634	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995013
87	NT_187147	ATC	2	6	3643	3648	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995013
88	NT_187147	GCC	2	6	3694	3699	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995013
89	NT_187147	CAG	2	6	3711	3716	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995013
90	NT_187147	GGT	2	6	3771	3776	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399995013
91	NT_187147	ACC	2	6	3832	3837	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995013
92	NT_187147	TTG	2	6	3856	3861	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399995013
93	NT_187147	CAG	2	6	3870	3875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995013
94	NT_187147	CCGG	2	8	3917	3924	0 %	0 %	50 %	50 %	399995013
95	NT_187147	TC	3	6	3950	3955	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NT_187147	A	7	7	3957	3963	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NT_187147	CTT	2	6	4012	4017	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NT_187147	CAG	2	6	4158	4163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NT_187147	CGC	3	9	4183	4191	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
100	NT_187147	GGC	2	6	4195	4200	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NT_187147	TG	3	6	4240	4245	0 %	50 %	50 %	0 %	399995014
102	NT_187147	CGT	2	6	4254	4259	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995014
103	NT_187147	CGT	2	6	4295	4300	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995014
104	NT_187147	CGC	2	6	4338	4343	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995014
105	NT_187147	AGG	2	6	4358	4363	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399995014
106	NT_187147	GC	3	6	4440	4445	0 %	0 %	50 %	50 %	399995014
107	NT_187147	GTC	2	6	4575	4580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995015
108	NT_187147	CTG	2	6	4607	4612	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995015
109	NT_187147	TCA	2	6	4615	4620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995015
110	NT_187147	CTG	2	6	4629	4634	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995015
111	NT_187147	TGC	2	6	4670	4675	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995015
112	NT_187147	TCG	2	6	4711	4716	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995015
113	NT_187147	GC	3	6	4728	4733	0 %	0 %	50 %	50 %	399995015
114	NT_187147	TTCG	2	8	4743	4750	0 %	50 %	25 %	25 %	399995015
115	NT_187147	GCAG	2	8	4791	4798	25 %	0 %	50 %	25 %	399995015
116	NT_187147	CGC	2	6	4826	4831	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995015
117	NT_187147	TGA	2	6	4840	4845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995015
118	NT_187147	CTG	2	6	4848	4853	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995015
119	NT_187147	GGC	2	6	4865	4870	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995015
120	NT_187147	GGCT	2	8	4884	4891	0 %	25 %	50 %	25 %	399995015
121	NT_187147	GAC	2	6	4892	4897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995015
122	NT_187147	CAA	2	6	4916	4921	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399995015
123	NT_187147	TGA	2	6	4960	4965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995015
124	NT_187147	CGG	3	9	4987	4995	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995015
125	NT_187147	AAG	2	6	5052	5057	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995015
126	NT_187147	CTG	2	6	5084	5089	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995016
127	NT_187147	TCG	2	6	5091	5096	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995016
128	NT_187147	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399995016
129	NT_187147	GGC	2	6	5151	5156	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995016
130	NT_187147	GGC	2	6	5188	5193	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995016
131	NT_187147	CGG	2	6	5197	5202	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995016
132	NT_187147	TCT	2	6	5260	5265	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995016
133	NT_187147	GCA	3	9	5278	5286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995016
134	NT_187147	CCGC	2	8	5313	5320	0 %	0 %	25 %	75 %	399995016
135	NT_187147	CGA	2	6	5329	5334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995016
136	NT_187147	CCA	2	6	5386	5391	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995016
137	NT_187147	TCG	2	6	5517	5522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995016
138	NT_187147	CG	3	6	5532	5537	0 %	0 %	50 %	50 %	399995016
139	NT_187147	CGCT	2	8	5540	5547	0 %	25 %	25 %	50 %	399995016
140	NT_187147	CGT	2	6	5578	5583	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995016
141	NT_187147	CTG	2	6	5732	5737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995016
142	NT_187147	GCC	2	6	5741	5746	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995016
143	NT_187147	CGTGG	2	10	5781	5790	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
144	NT_187147	ATC	2	6	5794	5799	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NT_187147	GCT	2	6	5808	5813	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NT_187147	TG	3	6	5814	5819	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NT_187147	ACG	3	9	5879	5887	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NT_187147	CGGAG	2	10	5919	5928	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
149	NT_187147	CG	3	6	6027	6032	0 %	0 %	50 %	50 %	399995017
150	NT_187147	GC	3	6	6043	6048	0 %	0 %	50 %	50 %	399995017
151	NT_187147	GATG	2	8	6093	6100	25 %	25 %	50 %	0 %	399995017
152	NT_187147	CG	3	6	6111	6116	0 %	0 %	50 %	50 %	399995017
153	NT_187147	GCC	2	6	6151	6156	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995017
154	NT_187147	GACA	2	8	6172	6179	50 %	0 %	25 %	25 %	399995017
155	NT_187147	GC	3	6	6190	6195	0 %	0 %	50 %	50 %	399995017
156	NT_187147	TGC	2	6	6201	6206	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995017
157	NT_187147	ATC	2	6	6306	6311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NT_187147	GGC	2	6	6495	6500	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
159	NT_187147	GC	3	6	6544	6549	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
160	NT_187147	GAC	2	6	6578	6583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995018
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162	NT_187147	TCA	2	6	6619	6624	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995018
163	NT_187147	CTT	2	6	6697	6702	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995018
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165	NT_187147	ACGGAT	2	12	6834	6845	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995018
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167	NT_187147	T	6	6	6884	6889	0 %	100 %	0 %	0 %	399995018
168	NT_187147	CTT	2	6	6899	6904	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995018
169	NT_187147	T	6	6	6919	6924	0 %	100 %	0 %	0 %	399995018
170	NT_187147	ATCA	2	8	7040	7047	50 %	25 %	0 %	25 %	399995018
171	NT_187147	ACCTT	2	10	7051	7060	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
172	NT_187147	AGC	2	6	7099	7104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
173	NT_187147	CT	3	6	7116	7121	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
174	NT_187147	TCCC	2	8	7140	7147	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
175	NT_187147	G	6	6	7153	7158	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
176	NT_187147	TGCT	2	8	7437	7444	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
177	NT_187147	CGTC	2	8	7489	7496	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
178	NT_187147	CTG	2	6	7577	7582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
179	NT_187147	GAG	2	6	7594	7599	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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181	NT_187147	CAAG	2	8	7636	7643	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
182	NT_187147	GATC	2	8	7690	7697	25 %	25 %	25 %	25 %	399995020
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233	NT_187147	TTGG	2	8	10413	10420	0 %	50 %	50 %	0 %	399995024
234	NT_187147	CAT	2	6	10546	10551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995025
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238	NT_187147	TAA	2	6	10742	10747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399995025
239	NT_187147	CAG	2	6	10777	10782	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995025
240	NT_187147	CGT	2	6	10833	10838	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
241	NT_187147	GAG	2	6	10843	10848	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
242	NT_187147	CGA	2	6	10935	10940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995026
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248	NT_187147	TGC	3	9	11192	11200	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995026
249	NT_187147	CCG	2	6	11335	11340	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
250	NT_187147	TTC	2	6	11351	11356	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
251	NT_187147	GC	3	6	11365	11370	0 %	0 %	50 %	50 %	399995027
252	NT_187147	TCG	2	6	11372	11377	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995027
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254	NT_187147	CG	3	6	11403	11408	0 %	0 %	50 %	50 %	399995027
255	NT_187147	GCG	2	6	11435	11440	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995027
256	NT_187147	GCGG	2	8	11492	11499	0 %	0 %	75 %	25 %	399995027
257	NT_187147	GTC	2	6	11545	11550	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995027
258	NT_187147	GCC	2	6	11603	11608	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995027
259	NT_187147	GAC	2	6	11613	11618	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995027
260	NT_187147	CGA	2	6	11648	11653	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995027
261	NT_187147	GCC	2	6	11697	11702	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995027
262	NT_187147	CG	3	6	11735	11740	0 %	0 %	50 %	50 %	399995027
263	NT_187147	GCA	2	6	11750	11755	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995027
264	NT_187147	GCC	2	6	11814	11819	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995027
265	NT_187147	CCG	2	6	11847	11852	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995027
266	NT_187147	ATC	2	6	11910	11915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995027
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268	NT_187147	TGC	2	6	11955	11960	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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270	NT_187147	GGC	2	6	12058	12063	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
271	NT_187147	CAG	2	6	12091	12096	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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395	NT_187147	TCA	2	6	18431	18436	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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